《药品案件查办工作指导意见（试行）》公开征求意见后，共征集到修改意见41条，其中采纳16条，部分采纳或作其他修改10条，不予采纳15条，未采纳原因主要有以下几种情况：一是关于“黑窝点”查办中涉及生产环节的，严格按照2020年国家药监局《关于进一步做好案件查办工作有关事项的通知》规定，在属地管辖基础上实行“黑窝点”首办负责制，谁发现，谁办理。二是对于委托行政处罚，坚持《行政处罚法》第二十条规定情形，不随意作扩大适用。三是关于减轻处罚，继续保留最低10%底限的规定有利于全省类案同罚、标准统一。四是关于违法所得计算标准，严格按照修订后《行政处罚法》第二十八条第二款规定的标准执行。五是关于行刑衔接工作中出具有关认定意见的费用承担等问题，根据五部门行刑衔接办法规定，明确由药品监管部门承担相关费用；关于出具意见的主体问题，由各地根据实际自行确定。